La cathédrale, dédiée à Saint Jean-Baptiste, se situe dans la basse ville où résidaient les évêques de ce diocèse créé au VI^e siècle, qui a fonctionné jusqu'en 1802. Le diocèse fut rattaché à celui de Bayonne de 1802 à 1823, et il forme aujourd'hui, avec Dax, le diocèse d'Aire et Dax.

L'église, construite au 12° s. a été souvent remaniée entre le 14^e et le17i^e siècle. Elle fut ravagée au XIV^ème et XVI^ème siècle lors des guerres de religions. Elle subira des modifications jusqu'au XIX^ème siècle

Elle présente un aspect hétéroclite avec la vaste

 rotonde du chevet. Elle a conservé du12)s. trois travées et une abside.

La sévère façade du 13° s., surélevée d'une tour à toit d'ardoise, a pour portail une simple voussure en arc brisé. 

Longueur  48 m, largeur de la nef 8 m, hauteur sous voûte 15 m

  * Orgue du XVIII^ème siècle de Dom Bedos de Celles,

 * Stalles et boiseries du chœur du XVIII^ème siècle,

 * Maître autel, fin XVIII^ème siècle.

  La nef est voûtée d'ogives au 14° s. Elle est
encore romane, les chapiteaux qui s’y trouvent le sont eux aussi.

 Le chœur est flanqué de quatreabsidioles donnant sur le transept.  Boiseries du XVIII^ème siècle. La balustrade en marbre autour du sanctuaire date de 1684. Le maître-autel, en marbre polychrome, fut réalisé par les frères Mazzetti vers 1770. Derrière, dans l’abside reconstruite à la fin du XVIII^ème, stalles et boiseries classées fin du XVII^ème siècle.

 Des évêques des XV, XVII et XVIII^ème siècle sont enterrés là.

L’orgue de tribune : En restant devant le chœur, vous apercevrez les grandes orgues de tribune. Construites entre octobre 1757 et septembre 1759 par Dom Bedos ou par son élève Labruguière. L’orgue est classé Monument Historique.

Dans le prolongement de l'abside vers le parc, l'orangerie de pierre du 17°s. abrite des expositions temporaires.

 La Cathédrale Saint-Jean-Baptiste marque une étape sur la Via Podiensis, un des chemins du pèlerinage de Saint-Jacques-de-Compostelle, qui va du Puy-en-Velay jusqu'à Saint-Jacques-de-Compostelle en passant par le col de Roncevaux.

 Chapelle de la sainte Vierge: Les peintures représentent l’Annonciation, la Visitation, la Nativité, la Présentation de Jésus au Temple et la Fuite en Égypte.

Chapelle saint Joseph : Chapelle à fond plat dans laquelle se trouve la sépulture de Mgr Savy (1839).

 Chapelles des reliques : S’y trouve une relique de la Vraie Croix et de la Sainte Epine, cadeau de Mgr de Quélen en 1900. Au sol, tombe de Mgr Hiraboure (1859).

 Chapelle du Saint Sacrement : Les peintures représentent les patriarches de l’Ancien Testament.

 Tableau : Jésus au Jardin de l’Agonie » : En 1850, le Gouvernement offrit ce tableau à la cathédrale. Au sol, à l’entrée de la sacristie, tombe de Mgr Lanneluc (? 1856).

  La sacristie  : Ancienne salle capitulaire du XIV^ème siècle, aux voûtes gothiques retombant sur des piliers centraux, de facture toulousaine évoquant les "palmiers" des Jacobins. salle carrée avec un magnifique pilier octogonal central sur lequel reposent 4 voûtes d’ogives. Au mur, des consoles engagées sont chargées de monstres et de personnages.

 Au XVII^ème siècle, elle fut mise en communication avec la cathédrale et à l’Est, la chapelle Sainte Anne fut construite. À l’Ouest, se trouvent les anciennes ouvertures du cloître des chanoines.

 Balcon de l’Évêque : Ce mirador donnait sur la chapelle privée de l’évêque, dans le palais épiscopal.

Fonts baptismaux : La piscine en marbre date de la fin du XVII^ème siècle. Elle a été placée là en 1843.

 Une cathédrale à redécouvrir !

L’essentiel des travaux de restauration intérieure de la cathédrale, débutés en 2003, se sont achevés en septembre 2011.

Après la restauration de l’orgue puis la réfection des toitures, des charpentes et des façades extérieures à la fin des années 90, le monument a bénéficié depuis 2003 d’un vrai lifting intérieur.